Instytut Pedagogiki powstał w 1991 roku jako jednostka utworzonego również w tym samym roku Wydziału Humanistycznego.

Kształcenie kadr pedagogicznych na poziomie uczelni wyższej ma w Siedlcach znacznie dłuższą tradycję. W roku 1969 utworzono Wyższą Szkołę Nauczycielską. W jej strukturze funkcjonował Wydział Pedagogiczny. Uruchomiono następujące kierunki kształcenia:
- nauczanie początkowe z matematyką,

- nauczanie początkowe z wychowaniem fizycznym. W 1974 roku przekształcono siedlecką uczelnię w Wyższą Szkołę Pedagogiczną. Kierunki kształcenia jakie istniały na Wydziale Pedagogicznym WSP to:

- pedagogika szkolna,

- pedagogika przedszkolna,

- pedagogika specjalna – resocjalizacja społecznie niedostosowanych,

 - pedagogika ze specjalnością kulturalno-oświatową.

Poza powyższymi kierunkami w systemie zaocznym kształcono w specjalnościach:

- pedagogika przedszkolna z nauczaniem początkowym,

- pedagogika po WSN,

- nauczanie początkowe,

- nauczanie początkowe z językiem polskim (3 semestralne).

 Rok 1977 to kolejne przekształcenie uczelni

w Wyższą Szkołę Rolniczo – Pedagogiczną.  W zreorganizowanej uczelni ograniczono rolę humanistyki wraz
z pedagogiką. Wywołało to rozgoryczenie kadry i studentów. Kształcenie pedagogiczne kontynuowano w ramach powołanego Wydziału Pedagogiki i Kultury Wsi tylko na dwóch kierunkach:

- nauczanie początkowe,

- pedagogika ze specjalnością kulturalno-oświatową.

Dopiero zmiany na początku lat dziewięćdziesiątych pozwoliły powrócić do tradycji rozwoju siedleckiej pedagogiki. Wydział Humanistyczny został reaktywowany 20 sierpnia 1991 roku, a w jego strukturze znalazł się powstały na bazie funkcjonujących wcześniej zakładów (Zakład Kultury Wsi, Zakład Nauczania Początkowego, Zakład Pedagogiki, Pracownia Praktyk Pedagogicznych) Instytut Pedagogiki.

Na przestrzeni lat kierowali Instytutem (w kolejności chronologicznej):

prof. dr hab. Zdzisław Kosyrz;

dr hab. Mieczysław Iwanicki, prof. nadzw. WSR-P;

prof. dr hab. Ryszard Rosa;

prof. dr hab. Jerzy Kunikowski;

prof. dr hab. Ryszard Rosa (ponownie);

prof. dr hab. Romuald Kalinowski;

dr hab. Sławomir Sobczak, prof. nadzw. UPH.

Funkcję zastępców dyrektora sprawowali:

dr hab. Tamara Zacharuk, prof. nadzw. UPH; dr Adam Knap; mgr Maria Gutwińska; dr hab. Franciszek Szlosek, prof. nadzw. AP; prof. dr hab. Romuald Kalinowski;

dr hab. Anna Klim-Klimaszewska, prof. nadzw. UPH; dr Beata Bocian.

W strukturze Instytutu na przestrzeni lat działały następujące katedry, zakłady

i pracownie:

Katedra Dydaktyki (powołano w 1991)

Kierownicy:
dr hab. Władysław Kobyliński; dr hab. Wanda Popiak; prof. dr hab. Kazimierz Żegnałek.

Struktura zmieniała się na przestrzeni lat. W jej obrębie w różnych okresach funkcjonowały:

Pracownia Praktyk Pedagogicznych (1991-1996);

Pracownia Kształcenia Wczesnoszkolnego i Praktyk Pedagogicznych (1997-2005);

Pracownia Dydaktyki Ogólnej (1997-2005);

Zakład Dydaktyki Ogólnej (2005-2013);

Zakład Kształcenia Wczesnoszkolnego (2005-2013);

Zakład Wychowania Przedszkolnego (2005-2011);

Zakład Kształcenia Przedszkolnego (2011-2013)

Katedra Pedagogiki (1991-2005)

Kierownicy:
dr hab. Lucjan Turos, prof. ndzw.
WSR-P; prof. dr hab. Tadeusz Wujek; prof. dr hab. Ryszard Stępień;

Struktura:

Pracownia Socjoterapii Pedagogicznej (1992-1996);

Katedra Pedagogiki Ogólnej (2005-2011)

Kierownik:

dr hab. Andrzej Pawilonis, prof. nadzw. AP

Katedra Historii i Teorii Wychowania (1991-2013)

Kierownicy:
 dr hab. Mieczysław Iwanicki, prof. nadzw. WSR-P; prof. dr hab.
Lech Wyszczelski.

Struktura:

Pracownia Historii Wychowania (1991-1996);

Pracownia Teorii Wychowania (1991-1996);

Katedra Organizacji i Zarządzania Oświatą (1994-1996)

Kierownik:

prof. dr hab. Władysław Ratyński

W 1996 roku Katedra uzyskała samodzielność wychodząc ze struktur Instytutu Pedagogiki by z czasem rozwinąć się w Instytut Zarządzania.

Katedra Pedagogiki Społecznej (styczeń 1996- lipiec 1996)

Kierownik:

prof. dr hab. Tadeusz Wujek

Katedra Pedagogiki Integracyjnej (1996-2007; 2011-2013)

Kierownicy:

prof. dr hab. Zdzisław Leszczyński; dr hab. Marek Kucharski, prof. nadzw. AP;
ks. prof. dr hab. Edward Jarmoch

Struktura:

Pracownia Pedagogiki Specjalnej (1997-2005);

Zakład Pedagogiki Specjalnej (2005-2007);

Zakład Teorii Osobowości i Nooterapii (2005-2007);

Zakład Pedagogiki Resocjalizacyjnej (2011-2013);

Zakład Pracy Socjalnej (2011-2013).

Katedra Pedagogiki Kulturalno-Oświatowej (1996-1999)

Kierownik:

dr hab. Piotr Rozmysłowicz, prof. nadzw. WSR-P; dr hab. Czesław Pius Ciapało, prof. nadzw. AP

Struktura:

Zakład Plastyki (1997-1999);

Pracownia Muzyki (1997-1999);

Pracownia Socjologii Kultury (1997-1998).

Katedra Edukacji Artystycznej (1999-2013)

Kierownicy:

dr hab. Czesław Pius Ciapało, prof. nadzw. AP; dr hab. Mikołaj Bieluga, prof. nadzw. UPH

Struktura:

Zakład Plastyki (1999-2013)

Zakład Muzyki (1999-2013)

Pracownia Pedagogiki Kulturalno-Oświatowej (1999-2011)

Pracownia Edukacji Kulturowej i Animacji (2011-2013)

Katedra Edukacji Obronnej (1997-2011)

Kierownik:

prof. dr hab. Jerzy Kunikowski;

Struktura:

Zakład Edukacji Obronnej (2001-2011)

Zakład Obrony Cywilnej (2001-2011)
Zakład Bezpieczeństwa Społecznego (2003-2011)

Katedra Edukacji do Bezpieczeństwa (od2011)

Kierownik:

prof. dr hab. Jerzy Kunikowski

Struktura:

Zakład Edukacji Obywatelskiej (2011-2013);

Zakład Obrony Cywilnej (2011-2013);

Zakład Bezpieczeństwa Społecznego (2011-2013).

Katedra Edukacji Praw i Wolności Człowieka (1999-2005)

Kierownik:

Prof. dr hab. Ryszard Rosa.

Katedra Pedagogiki Społecznej i Praw Człowieka (2005-2013)

Kierownik:

Prof. dr hab. Ryszard Rosa.

Struktura:

Zakład Pedagogiki Społecznej (2006-2011);

Zakład Praw Człowieka (2006-2011);

Pracownia Metodologii Badań Społecznych (2006-2011).

Samodzielne zakłady funkcjonujące w Instytucie Pedagogiki na przestrzeni lat 1991-2013:

Zakład Kształcenia Pedagogicznego (1994-1995)

Kierownik:

dr inż. Bożena Gabryjelska

Zakład Metodologii Badań Pedagogicznych (1998-2005)

Kierownik:

dr hab.. Marek Kucharski, prof. nadzw. AP

Zakład Psychologii (2005-2008)

Kierownik:

dr hab. Mirosław Dyrda, prof. nadzw. AP

Zakład Psychoedukacji i Zachowań Społecznych (2008-2013)

Kierownik:

dr hab. Mirosław Dyrda, prof. nadzw. AP

Zakład Pedagogiki Ogólnej (2011-2013)

Kierownik:

dr Ewa Brodacka-Adamowicz

 W 2013 roku zatwierdzono nową strukturę Instytutu Pedagogiki, aktualną do dnia dzisiejszego.